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現状、バックアップは同一ファイルシステム上にしか作成できません。
ディスク容量の関係などでバックアップの作成を行わない場合は、--no-backupコマンドラインオプションを指定します。
--no-backup
$ lightfile --serial <シリアルコード> --no-backup --dir <対象ディレクトリ>
なお、外部のドライブをファイルシステムにマウントしている場合は、当然、同一ファイルシステムと見なされます。外部ドライブをバックアップに利用することも可能です。